말레이시아는 주변의 해로가 넓게 개방되어 있어 주변국들로부터 접근이 쉬웠기 때문에 서쪽의 인도에서는 힌두교와 불교, 아라비아의 이슬람교, 유럽의 기독교 외에도 인도차이나 반도, 중국, 일본 등 수많은 나라들의 영향을 받았던 탓에 다층적인 역사를 가지게 되었습니다.

말레이시아는 인도양과 남중국해 사이에 위치하여 옛날부터 동·서양의 무역상인들과 여행자들이 빈번히 교류하는 요충지(특히 말라카해협)였습니다. 이곳에서 처음 발생한 국가가 스리비자야 왕국이라고 하며 인도와 당나라 사이에서 중계무역을 하면서 번성하였다고 합니다. 그리고 대승불교를 받아 들어 불교문화를 꽃피웠습니다.

13세기부터는 이슬람 상인들이 이 지역에 진출하면서 이슬람교도 함께 전파하였으며, 15세기 초에는 수마트라의 왕자 파와메스와라(Pawameswara)가 최초의 이슬람 왕국인 말라카 왕국을 건설하였습니다. 그 후 말라카 왕국은 명나라와 조공관계를 맺고 명나라와 서유럽 사이의 중계무역을 통해 번성했습니다.

15세기 중엽에 이르러 말라카 왕국은 동남아시아에서 가장 번성한 무역중심지가 되었다. 그 덕분에 인도, 이슬람 상인과 중국 무역사절단이 자주 왕래하였고, 말라카 왕국은 태국과 수마트라 섬으로까지 영향력을 확대하였습니다. 이때부터 말레이시아 지역에 정착된 이슬람 문화는 말레이인들에게 많은 영향을 주었고 지금까지도 그 영향력이 미치고 있습니다.

1511년에 먼저 포르투갈이 말라카왕국을 점령하였습니다. 이어1641년에는 네덜란드가 점령하였으며, 1824년에는 영국이 점령하였습니다. 영국은 1786년 프란치스 라이트가 페낭에 도착한 이후 1874년에는 말레이시아 반도 전체를 장악하였다. 이러한 유럽 세력 들은 후추와 같은 향신료를 확보하기 위해서였습니다.

1888년 보루네오 섬에 있는 사라왁주와 북보루네 오  (차후 사바로 개칭됨)가 영국의 보호령이 되었습니다.

1930년대에 이르러 말레이시아 민족주의 의식이 고무 되기 시작하였고, 제2차 세계대전 당시 일본의 침공으로 말레이시아는 일본의 식민지가 되어 1942~1945년까지 일본 제국으로 편입되었다가 일본의 패망 후 말레이시아는 다시 영국령이 되었지만 예전의 말레이시아는 아니었습니다.